1. Biologia komórek macierzystych
2. Biotechnologia medyczna: terapia genowa i komórkowa w chorobach układu krążenia
3. Sygnalizacja w biologii naczyń
4. Rola oksygenazy hemowej-1 w zdrowiu i chorobie: modulacja stanu zapalnego i angiogenezy
5. Molekularne mechanizmy waskulogenezy i angiogenezy: rola hipoksji
6. Farmakologiczna modulacja stanu zapalnego i angiogenezy

Najbardziej prestiżowe wyróżnienia naukowe

• Członek korespondent Polskiej Akademii Nauk (2025)
• Członek Academia Europaea (2022)
• Członek czynny Polskiej Akademii Umiejętności (2022)
• Doktor honoris causa Uniwersytetu Orleańskiego (Francja, 2012)

Nagrody międzynarodowe

• STEM Impact Award Fulbright Fellowship (University of Washington, 2024)
• Luis Federico Leloir Award (Argentyńskie Ministerstwo Nauki i Innowacji Technicznych, 2014)
• Nagroda Austriackiego Towarzystwa Badań nad Miażdzycą (2000) - za najlepszą prezentację ustną

Nagrody krajowe

• Nagroda Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego (2022) - za kierowanie zespołem badawczym
• Nagroda Polskiej Akademii Nauk (2021) - za kierowanie zespołem badawczym
• Indywidualna Nagroda I stopnia Rektora UJ za osiągnięcia naukowe (2019)
• Nagroda im. Tadeusza Browicza PAU (2010)
• Nagroda Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego dla najlepszych naukowców UJ za lata 2004-2008, przyznana na podstawie wskaźnika Impact Factor (2009)
• Nagroda Rektora Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego (2009) - nagroda zespołowa za publikacje
• Nagrody Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego za kierowanie zespołem badawczym (2008, 2011, 2012, 2014, 2017, 2021)
• Nagroda Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego (2006) - za kierowanie zespołem badawczym
• Indywidualna Nagroda Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego (1993)
• Zespołowa Nagroda Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego (1989)
• Stypendium Ministerstwa Edukacji (1984/1985)

Agata Szade, Krzysztof Szade, Alicja Józkowicz, Józef Dulak Cobalt porphyrins for the treatment of blood-related disorders. United States Patent No. 10,010,557 B2, July 3, 2018

Akademie naukowe

• Polska Akademia Nauk (PAN)
• Polska Akademia Umiejętności (PAU)
• Academia Europaea

Towarzystwa międzynarodowe

• Fellow European Society of Cardiology (FESC)
• International Society for Stem Cell Research (ISSCR)
• European Society of Gene and Cell Therapy (ESGCT)
• American Heart Association (AHA)
• American Society for Gene and Cell Therapy

Funkcje kierownicze

• Prezes European Society for Vascular Biology (2013-2017)
• Wiceprzewodniczący Komitetu Biotechnologii PAN
   

Komitety i gremia naukowe

• Komitet Biotechnologii PAN (od 2011)
  • wiceprzewodniczący w kadencjach 2020-2024 i 2024-2028
• Komitet Genetyki Molekularnej i Patologii Człowieka PAN (od 2024)
• Rada Wydziału, Biofizyki i Biotechnologii UJ (od 2002)
• Rada Polskiego Towarzystwa Biochemicznego (2008-2011)
• Krakowski oddział Polskiego Towarzystwa Biochemicznego (przewodniczący 2005-2008)
• Polskie Towarzystwo Bioetyczne (2006-2010)
• Komitet ds Oceny Jednostek Naukowych (KEJN) (2011-2014, 2015-2019)
• Scientific Committee of Innovative Medicines Initiative(Bruksela: 2008-2009, 2009-2011, 2011-2013)
   

Doktoraty:

2005:

• Jarosław Cisowski

2006:

• Agnieszka Łoboda
• Barbara Wegiel (współpromotor z Dr Fritz Bach, Harvard University )

2007:

• Joanna Węgrzyn (współpromotor z Dr Andrew Larner)

2008:

• Agnieszka Jaźwa

2009:

• Magdalena Szelag (współpromotor z Dr Andrew Larner )
• Slawomir Golda

2010:

• Karol Szczepanek (współpromotor z dr Andrew Larner)

2012:

• Urszula Florczyk
• Guillaume Collet (University of Orleans; współpromotor z prof. Claudine Kieda)

2013:

• Klaudia Skrzypek (współpromotor z prof. Claudine Kieda)
• Magdalena Tertil (współpromotor z prof. Chantal Pichon)
• Anna Stachurska (współpromotor z dr Agnieszka Łoboda)

2016:

• Krzysztof Szade 
• Jacek Stepniewski

2017:

• Bart Krist - współpromotor z Dr Urszula Florczyk-Soluch

2019:

• Mateusz Tomczyk (współpromotor z Dr Agnieszka Jaźwa-Kusior)

2020:

• Mateusz Jez (współpromotor z Dr Jacek StępniewskI
• Iwona Bronisz-Budzyńska

2022:

• Kalina Andrysiak (współpromotor z Dr Jacek StępniewskI)

2023:

• Alicja Martyniak (współpromotor z Dr Jacek Stępniewski)

2025:

• Marta Przymuszała 

Promotorstwo obronionych prac magisterskich

• 54

Aktualni doktoranci

• Maja Bagińska (od października 2025 r.)
• Karolina Łaszcz (od października 2026)